1、工作原理不同：新風系統的工作原理是根據在密閉的室內一側用專用的室內送新風，再從另一側由專用設備向室外排出，從而滿足室內新風換氣的需要。而全熱交換器則是產品工作時，室內排風和新風分別呈正交叉方式流經換熱器芯體時，由于氣流分隔板兩側氣流存在著溫差和蒸汽分壓差，引起全熱交換流程。
2、作用功能不同：新風系統主要用于室內空氣凈化和通風。全熱交換器能有效降低空調系統負荷，有效解決了改善室內空氣品質與空調系統節能之間的矛盾，在空調系統節能中具有不可替代的作用。
3、不同類型：新風系統可分為單向新風系統、雙向新風系統、地面送風系統、管道新風系統和單一新風系統；全熱交換器可分為旋轉式全熱交換器和板翅式全熱交換器。
